Zemepisná poloha, mapa

Pernek sa nachádza v západnej časti Slovenska na úpätí Malých Karpát v okrese Malacky, ktorý je súčasťou Bratislavského samosprávneho kraja. Kataster obce Pernek sa rozprestiera v chránenej krajinnej oblasti v blízkosti športového a rekreačného strediska Pezinská Baba a susedí s katastrálnym územím obcí Kuchyňa, Jabloňové, vojenský obvod Záhorie a Pezinok. Obec leží v južnej časti Záhoria, v tzv. Záhorskej nížine, ktorá leží na náplavovom kuželi pri západnom úpätí Malých Karpát na území, ktorému hovoríme tiež Podhorie. Obec je v nadmorskej výške 278 m n. m.. Mierne zvlnený rovinný povrch chotára tvoria vo východnej časti treťohorné zlepence a štrky, druhohorné vápence, bridlice, pieskovce, sliene, fylity, ruly, amfibolity a granodiority, v západnej časti na povrchu zvetraliny, naviate piesky a nivné uloženiny. Nad obcou sa rozprestierajú lesy Malých Karpát, v ktorých prevládajú listnaté porasty ako buk, dub, alebo hrab a z ihličnanov smrek, miestami i smrekovec. Pod obcou sa nachádza tzv. „búr“, ide o pásmo borovicových lesov.